Elexis erlaubt eine feine Steuerung der Zugriffsrechte und Voreinstellungen für die verschiedenen Programmfunktionen. Hierzu werden Benutzer erstellt, die Ihrerseits zu bestimmten Gruppen gehören können. Man kann Zugriffsrechte und Einstellungen auf Benutzerebene und/oder Gruppenebene erteilen. Ein Benutzer kann zu einer oder mehreren Gruppen gehören.
Grundsätzlich gilt: Ein Benutzer hat diejenigen Rechte, die entweder ihm selbst oder einer der Gruppen, zu denen er gehört, erteilt wurden. Für die Voreinstellungen gilt: